Internamente o CRF é organizado por setores responsáveis por seu funcionamento. O setor administrativo é subordinado ao secretário-geral do CRF. Fazem parte da administração: serviços gerais, setor de cadastro, e a secretaria. Fazem parte do setor financeiro a tesouraria, contabilidade e serviço de pessoal. O financeiro é subordinado ao diretor tesoureiro.

Subordinado ao diretor Tesoureiro, o setor é formado pelos seguintes setores internos: Tesouraria, Contabilidade e Pessoal. Entres suas diversas atribuições, podemos destacar: elaborar projetos de ordem financeira, propostas orçamentárias, coordenar as despesas, confeccionar cheques para pagamentos, executar a contabilidade do orgão de conformidade com a legislação atual, bem como a prestação de contas do exercício, elaborar as folhas de pagamento dos servidores, apresentar balancetes, etc.

O papel principal do departamento de fiscalização é fiscalizar o exercício profissional em todas as suas áreas de atuação, como na farmácia de manipulação, na drogaria, na farmácia hospitalar, na indústria de medicamentos, alimentos e cosméticos, na distribuidora de medicamentos e produtos para a saúde, no laboratório de análises clínicas e toxicológicas e em todos outros locais previstos no âmbito profissional farmacêutico regulamentado. As atividades fiscalizadoras são desenvolvidas sempre de forma orientativa junto ao farmacêutico, avaliando as condições do exercício profissional através da aplicação de formulários específicos.

O departamento jurídico trabalha na emissão de pareceres, esclarece dúvidas dos profissionais e estabelecimentos farmacêuticos na área pertinente à legislação farmacêutica. Assessora a diretoria e o Plenário em questões jurídicas e administrativas e faz acordos judiciais. Cabe-lhe ainda a apreciação dos processos administrativos de natureza disciplinar decorrentes de denúncias ou mesmo por ato da diretoria. O departamento acompanha no âmbito da Justiça Federal e nas Comarcas do interior todos os processos de interesse da Autarquia.

A Assessoria de Imprensa assessora a diretoria nas questões de comunicação e é o contato da entidade com a imprensa; é responsável por toda a divulgação do CRF, a comunicação com a categoria farmacêutica e a sociedade.